捷克共和国关税体制构成的基础是关税税率、海关配额以及在特殊情况下采取非关税措施。关税体制主要由进口关税组成，因为从捷克向国外出口任何商品都不用缴纳出口税。制定关税税率的主要依据是商品的种类及原产地。进口商品除支付关税外，还需缴纳商品进口增值税，对进口的某些商品还要征收消费税。
捷克税则规定实行四种税率：
1.普通税率，主要指从未与捷签订政府经贸协定的国家进口商品，这一类税率最高，实际上很少实行。
2.协议关税税率，主要指捷与某些签署政府间经贸协定的国家，提供互惠待遇，从上述国家进口产品享受该税率，多数商品税率相对较低。这反映了捷贸易自由化的政策，有利于商品进入对方国家市场。2000年捷平均协议税率为4.5%，其中农产品和食品平均税率为10%，工业产品关税平均为3.6%。
3.普惠制税率，主要指捷克单方面给予发展中国家或欠发展中国家的优惠关税待遇。从欠发展中国家（如柬埔寨、苏丹等）进口的各种商品享受零关税；从发展中国家（如中国、印度等）进口商品征收较低关税。在2000年捷在向发展中国家和欠发展中国家提供单方面普惠制税率待遇时，其也在享受来自美国、日本、澳大利亚以及新西兰等国家给予的单方面普惠制待遇。
4.零关税税率，主要指从与捷签订自由贸易区协定的国家和从欠发展中国家进口的某些商品享受此优惠税率。除此之外，还对捷境内设立的合资企业用于深加工生产的进口商品征收零关税，但前提是须符合有关投资规定。
二. 海关商品配额
捷如同一些国家一样对某些敏感的产品，如农产品，采取征收高关税的措施，加以限制进口，以保护本国产品的发展和竞争能力。同时，为了扩大市场上所需的商品品种，对某些商品，如葡萄酒等仍实行较低的进口关税，但对这一类商品实行配额。配额为自动配额，有总量控制，在全年度均可申领，一般从每年的1月1日起开始申办配额，申领配额的办法简便，根据实际需要还可适时增加配额量。2000年捷对以下商品实行了配额管理：
牛、牛肉、猪肉、羊肉和家禽肉、奶制品、葵花籽油、人造黄油、面制食品、冰淇淋、葡萄酒、酒精、烈性酒、淀粉等。
三. 签订自由贸易区协定国家内相互提供更为优惠的关税待遇
捷克与欧盟、欧洲自由贸易联盟、中欧六国（匈、波、斯洛伐克、斯洛文尼亚、罗、保）以及立陶宛、拉托维亚、爱沙尼亚、以色列和土耳其均签订了自由贸易区协定，根据协定规定，协定国之间对进口商品提供最为优惠的关税待遇，捷从以上国家进口产品关税很低，多数产品享受零关税。据捷海关总署负责人称，签订上述有关协定的目的是通过逐步降低关税，最终取消相互贸易存在的关税障碍。
四. 特殊的贸易政策措施
捷除实行关税政策手段外，根据世贸组织有关协定原则，对商品低价销售的情况可以采取反倾销和实行许可证管理措施。捷在2000年7月1日颁布了二个法律：一个是采取许可证的有关规定；另一个是对补贴进口产品实施防范的措施规定。
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